Un villaggio in riva al mare. Sosuke, una mattina, giocando sulla spiaggia rocciosa sotto casa, trova Ponyo, una pesciolina rossa con la testa incastrata in un barattolo di marmellata. Sosuke la salva e la porta con se; le dice: "Non preoccuparti, ti proteggerò e mi prenderò cura di te". Ma il padre di Ponyo, Fujimoto, una volta umano e ora stregone che abita i fondali marini, la obbliga a tornare con lui nelle profondità dell’Oceano. "Voglio essere umana!" esclama Ponyo e, determinata a diventare una bimba per tornare da Sosuke, tenta la fuga...