Nel 1952 due giovani argentini, Ernesto Guevara e Alberto Granado, si misero in viaggio per scoprire la vera America Latina. Ernesto, 23 anni, era uno studente in medicina specializzando in leprologia, e Alberto, 29 anni, un biochimico. Il film segue i due giovani alla scoperta della complessa e ricca topografia umana del continente latinoamericano.
Basato sui diari di Alberto Granado e dell'uomo che sarebbe diventato "El Che", "I Diari Della Motocicletta" rappresenta un viaggio interiore alla scoperta di sé, tracciando le origini di un cuore rivoluzionario.